Šponer Jiří

prof., RNDr., DrSc.
Born March 2, 1964 in Brno

  • Molecular Biophysics and Computational Chemistry
  • Member of Learned Society since 2006

Educational and professional preparation:

  • 1987, Master degree (RNDr), Physics, Faculty of Science, Masaryk University, Brno 
  • 1992, CSc. (eq. PhD), Biophysics, Faculty of Science, Masaryk University, Brno 
  • 2001, DrSc. (Doctor of Science), Biophysics/Molecular Biology, Academy of Sciences of the Czech Republic

Employment and academic positions: 

  • 1988–1989, Scholarship, Masaryk University, Faculty of Science, Masaryk University, Brno (including one-year army service).
  • 1989–1992, Postgraduate student, Faculty of Medicine, Masaryk University, Brno.  
  • 1992, Scholarship, assistant professor, Masaryk University, Faculty of Science, Brno.
  • 1993, Junior researcher, Institute of Biohysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno 
  • 1994–2003, Researcher and Senior Research, J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry, Academy of Sciences of the Czech Republic, Prague (part time 2001–2003).  
  • 2001-present: Senior Researcher and Head of Laboratory of Structure and Dynamics of Nucleic Acids, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno. 
  • 2004-present: (part time) Senior researcher, Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Academy of Sciences of the Czech Republic, Prague.

Membership in selected domestic scientific bodies:

  • Member of the Scientific Council of the Institute of Biophysics, AS CR, Brno. Since 2001

Notable awards:

  • 1999, Prize od the Learned Society of the Czech Republic for junior scientists
  • 2000, Prize of the Ministry of Education of the Czech Republic

Selected publications:

  • Šponer J., Hobza P.: Nonplanar geometries of DNA bases. Second order Moller-Plesset study. J. Phys. Chem. 98, 1994, 3161-3164.
  • Šponer J., Leszczynski J., Hobza P.: Structures and energies of hydrogen-bonded DNA base pairs. A nonempirical study with inclusion of electron correlation. J. Phys. Chem. 100, 1996, 1965-1974.
  • Šponer J., Leszczynski, J., Hobza P.: On the nature of nucleic acid base stacking. Nonempirical ab initio and empirical potential characterization of 10 stacked base pairs. Comparison of stacked and H-bonded base pairs. J. Phys. Chem. 100, 1996, 5590-5596.
  • Špacková N., Berger I., Šponer J.: Nanosecond molecular dynamics simulations of parallel and antiparallel guanine quadruplex molecules. J. Am. Chem. Soc. 121, 1999, 5519-5534.
  • Hobza P., Šponer J.: Structure, energetics, and dynamics of the nucleic acid base pairs: Nonempirical ab initio calculations. Chem. Rev. 99, 1999, 3247-3276.
  • Štefl R., Cheatham T. E, Špačková, N., Fadrná E., Berger I., Koča J., Šponer J.: Formation pathways  of  a  guanine-quadruplex  DNA  revealed  by  molecular  dynamics and thermodynamic analysis of the substates. Biophys. J. 85, 2003, 1787-1804.
  • Šponer J., Jurečka P., Hobza P.:   Accurate interaction energies of hydrogen-bonded nucleic acid base pairs. J. Am. Chem. Soc. 126, 2004, 10142–10151.
  • Krasovska M. V., Sefcikova J., Špačková N., Šponer J., Walter N. G.: Structural dynamics of precursor and product of the RNA enzyme from the hepatitis delta virus as revealed by molecular dynamics simulations. J. Mol. Biol. 351, 2005, 731-748.
  • Rázga F., Koča J., Šponer J., Leontis N.B.: Hinge-like motions in RNA kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases. Biophys. J. 88, 2005, 3466-3485.
  • Computational studies of DNA and RNA. Šponer J., Lankaš F., Eds., Springer, 2006 

Biofyzikální ústav AV ČR »
Institute of Biophysics, AS CR »

Zpět na seznam článků

Novinky

13.09.18

Pozvánka na plenární přednášku s přizváním veřejnosti – prof. Mirolav Bárta: „Sedm: jak civilizace vznikají, dosahují vrcholu a upadají“

Přednáška se koná 16. října 2018 od 16:00 hod. v místnostech 205, 206 budovy Akademie věd ČR, Národní 3, Praha 1.

Pozvánka (352 kB)

25.07.18

Člen Učené společnosti prof. Marian Karlický převzal Čestnou oborovou medaili Ernsta Macha za zásluhy ve fyzikálních vědách

Člen Učené společnosti prof. Marian Karlický převzal 16. 7. 2018 z rukou předsedkyně Akademie věd ČR prof. Evy Zažímalové Čestnou oborovou medaili Ernsta Macha za zásluhy ve fyzikálních vědách. Marian Karlický působí v Astronomickém ústavu AV ČR, v. v. i., a přednáší na Ústavu teoretické fyziky Matematicko-fyzikální fakulty UK sluneční fyziku a plazmovou astrofyziku. Jeho hlavním oborem je studium plazmových procesů ve slunečních erupcích.

11.07.18

Prohlášení Učené společnosti České republiky

Učená společnost podporuje úsilí Maďarské Akademie věd o udržení nezávislosti vědeckého bádání, vyjádřené v jednomyslně přijatém Prohlášení předsednictva MTA na jeho mimořádném zasedání dne 15. června 2018.

Prohlášení ke stažení (PDF, 527 kB)