Činnost Učené společnosti vychází jak z historických tradic jejích předchůdkyň, tak z obecných cílů formulovaných v jejích nových stanovách. Na prvém místě je to podněcování svobodného pěstování vědy a šíření vědeckých poznatků ve veřejnosti. Přirozeným cílem Učené společnosti je také prosazování zájmů české vědy a posilování její společenské prestiže. Zvláštní význam je dále přisuzován rozvíjení mezioborové komunikace v úrovni národní a mezinárodní.

Ve vnitřním životě Učené společnosti je možné zdůraznit tři hlavní druhy aktivit.

• Prvou jsou pravidelně (měsíčně) pořádané přednášky z jednotlivých vědních oborů zaměřené jednak na prezentaci nových poznatků a směrů výzkumu, jednak na hodnocení obecnějšího smyslu a souvislosti těchto poznatků s celkovým vývojem moderní vědy. Navazující diskuse jsou současně prostředkem k prohloubení mezioborové komunikace a k formulování obecných principů vědeckého poznání.
• Druhou významnou tématiku představují otázky týkající se postavení vědy ve společnosti a obecných problémů současného vývoje české společnosti. V těžišti zájmů jsou tedy otázky financování a organizace české vědy, kritika společensky nebezpečných jevů, jakým je např. vnucování iracionálních představ veřejnosti a aktuální společenské deformace vyplývající z obtíží post-totalitní transformace.
• Nezbytné jsou konečně i aktivity spojené s řízením a organizací Učené společnosti. Hlavním úkolem je vytváření členské základny, neboť předchozí půlstoletí totality zapříčinilo jak diskontinuitu v institucionálních reprezentacích vědy, tak i vážné deformace v řadách vědecké obce.

Veřejné prezentace činnosti Učené společnosti jsou zaměřeny jednak na širší odbornou veřejnost a jednak na decizní sféru i celospolečenskou oblast.

• V prvé činnosti má zvláštní význam podněcování vědeckého výzkumu formou udělování cen Učené společnosti - v kategorii vědeckých pracovníků a mladých vědeckých pracovníků i zvláštních tématických kategorií. V posledních letech byla navíc založena nová kategorie cen zhodnocujících významné vědecké aktivity středoškolských studentů. Dále je seznamována odborná veřejnost s významnými výsledky naší vědy především formou publikací v dobrých vědecko-populárních časopisech a formou přednášek pro širší odbornou veřejnost.
• Druhým typem veřejné aktivity jsou usnesení či vyjádření Učené společnosti k závažným otázkám řízení vědy i k aktuálním problémům života české společnosti.
  Ty jsou prezentovány buď ve veřejném tisku nebo v přímém oslovení vrcholných státních institucí a jejich představitelů. Zvláštní úlohu má v těchto ohledech i pořádání výročních Valných shromáždění Učené společnosti zahrnující jak vystoupení nejpřednějších představitelů státu, tak i příslušný ceremoniál udělování cen. Významnou součástí těchto konferencí jsou přednášky předních světových vědců a představitelů vrcholných vědeckých institucí z geograficky či kulturně blízkých zemí.